Chantal Abergel et Jean-Michel Claverie, chasseurs de virus

Description du podcast :
durée : 00:58:35 - La Méthode scientifique - par : Nicolas Martin - Qu’est ce qu’un virus géant ? Quelles sont les différentes familles de ces virus ? D’où viennent-ils et quelle a été leur évolution ? Quelle est leur parenté avec les autres organismes et les autres virus ? Constituent-ils une branche à part dans l'arbre du vivant ? - réalisé par : Olivier Bétard

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https://www.franceculture.fr/emissions/la-methode-scientifique/la-methode-scientifique-du-lundi-27-aout-2018

Transcription du podcast :
semaine de rentrée donc quatre grands entretiens ont jalonné ce début de cette 3e saison de la méthode scientifique avec pour commencer non pas un parrain marraine mais les deux deux scientifiques dans les travaux ont remis en question jusqu'à la notion même de vivement la découverte de virus géant il y a 15 ans a permis de défricher ceux qui s'appellent eux-mêmes la matière noire de la biologie des virus de la taille d'une bactérie au sommeil depuis parfois plus de 30000 ans remettre en question non seulement l'apparition de la vie mais aussi le modèle de l'évolution cellulaire génétique Chantal Abergel et Jean-Michel Claverie chasseur de virus c'est notre premier grand entretien à deux voix pour l'heure qui vient bienvenue dans la méthode scientifique et bonjour à vous deux Chantal Abergel et Jean-Michel Claverie bonjour bonjour bonjour voici un petit décalage je précise pour nous dire que vous êtes avec nous en duplex depuis les studios de Radio France à Marseille merci beaucoup d'avoir accepté d'être nos premiers invités pour cette 3e saison de ski facebook officiellement la marée des le parrain de cette nouvelle saison de la méthode scientifique on vous remercie et ça me fait très plaisir Chantal berger je rappelle que vous êtes direct de recherche CNRS au laboratoire informations génomique et structurale à Aix-Marseille Université Jean Michel Clavery vous êtes professeur de médecine également Aix-Marseille Université chercheur à l'Institut microbiologie de la Méditerranée du laboratoire informations génomique estructura alors quand on pense virus géant ou s'imagine des virus danse estropié j'ai dans le permafrost où le pergélisol en français dans les glaces millénaire aux confins du monde or il s'avère que l'un des virus géant que vous avez identifié assez récemment d'ailleurs vous l'avez trouvé au pied d'un chêne Marseillais dans le 9e arrondissement c'est tout à fait vrai c'est un poème Pandora virus qui a été appelé pendant un virus quersus vous voulez en savoir plus juste finalement quasiment votre laboratoire oui dans les faits les premiers on aller les chercher dans des endroits très exotique en disant que c'était on savait pas qu'elle était combien ils étaient présents sur sur sur terre et dans les océans et en fait très rapidement on s'est rendu compte qu'on est trouver absolument n'importe où vont les chercher et en effet au pied d'un d'un d'un chêne à côté du laboratoire on a identifié un membre de la famille des Pandora vérité tout simplement alors on va s'expliquer évidemment ce que son CV rue Léon il y en a on les a découvert assez récemment il y a une quinzaine d'années vous avez vos travaux d'ailleurs ont été les précurseurs à la matière mais avant tout cela on va sur un tricheur un peu la mémoire qu'est-ce que c'est exactement qu'un virus écoutez la définition d'un journée sans donne en 1949 dans le monde a des microbes il existe déjà être beaucoup plus petit et bien plus simple de structure que les bactéries ce sont les Ultra virus ou virus filtre qu'on a d'ailleurs tendance aujourd'hui à un plein plus simplement virus alors que chez les bactéries apparaissent encore le rudiment d'une structure cellulaire celle-ci n'existe plus j'ai des virus certains d'entre par SMS réduire à une seule molécule géante ce qu'il est situé à la frontière séparant le monde vivant du monde inorganisé d'où l'intérêt majeur qu'il présente pour les biologistes les virus sont responsables de nombreuses maladies infectieuses souvent redoutable qui atteignent l'homme les animaux les végétaux et les bactéries elle-même parmi les maladies qui s'installe humanité il faut citer le rhume banal la grippe épidémique la rougeole les oreillons l'herpès la varicelle la variole le typhus exanthématique exetera exetera voilà le journée se faire dans le temps dans cet article du 2 mars 1949 de la Radiodiffusion française cette définition du virus elle a pris un petit coup dans l'aile récemment Chantal berger allemand l'occurrence oui elle a pris un grand cru dans l'air parce qu'en fait la découverte de Severus géant et sa Jean-Michel c'est son petit cheval de bataille donc je vais le laisser sur parler de son vas-y viens de voir à quel point les obstacles épistémologiques correspondant à la philosophie de Bachelard sont présentés par ce petit texte que voilà les virus sont petits pourquoi parce que le premier virus qui a été trouvée par définition était tout petits ils sont filtrant ils sont plus simple tout ça c'est une généralisation hâtive des virus que le connaissais à l'époque et en plus on voit ce virus toujours extrêmement menaçant qui cause des maladies rares et tout ça donc tout cela bien sûr et totalement remis en question maintenant puisque les virus ne sont pas les savants petits ils sont pas nécessairement simple et surtout la plupart des virus qui existent dans l'environnement alors actuelle une pose aucun problème CIC heureusement d'ailleurs ce qui m'a tellement d'environnement que si c'était tous infectieux pour l'homme parfait dramatique est-ce que vous pouvez de conduite de cette découverte des premiers virus géant a quand même chamboulé aussi la manière dont tu percevais le virus avec une notion qui est apparue relativement rapidement que en fait on intervention sur interpréter ce qui était la particule virale on considère que le virus c'était la particule virale et dans les faits la particule virale n'est n'est pas le virus le virus est le micro-organisme qui se développe à l'intérieur de la cellule qui l'affecte donc c'est justement c'est par rapport à ce que disait Jean-Michel cette notion de vivant n'est pas approprié quand on quand on considère la particule virale et elle le devient lorsqu'on considère le leçon micro-organismes dans la cellule infectée j'y pense très longtemps ce mot virus d'une manière qui était beaucoup trop vague puisque ça voulait dire à la fois je vois encore dans toutes les armes des articles moderne le virus en tant que particulier boîte et le virus autant que process procédé biologique qui a lieu dans une cellule infectée donc vivement le virus c'est à la fois la boîte mais là il est totalement presque minérale et on va dire non vivant et puis quand il se réveille quand cette boîte la féconder une cellule can affect à son la levret virus se dévoile en tant qu'organisme biologique appartement où il a fait une cellule et qu'il met en branle toute procédure pour procéder pour faire une analogie que je voulais c'est un peu comme si on considère comme un animal inanimé c'est-à-dire cette particules virales ce virion alors qu'il faut effectivement prendre en compte pour le virus l'intégralité de son cycle de vie ça dire de cet état que vous définissez comme casino pyrale presqu'île animé de virion qu'on retrouvait ce dont on parlait tout à l'heure dans le pergélisol jusqu'à des dizaines de milliers d'années après jusqu'au point de l'infection de la réplication de son matériel génétique dans une cellule exetera c'est exactement ça c'est vraiment une une une image qui est parfaitement clair et on pourrait presque parler d' œuf encore non fécondé si vous voulez dans le sens où la particule virale va avoir besoin de la cellule pour initier ce procédé donc c'est presque neuf et elle n'est pas encore en soit vivant d'accord tout à fait le clavier alors peut-être pour comment est-ce qu'on peut caractériser aujourd'hui en tout cas vraiment est-ce qu'on peut tracer une ligne on parlera du vivant et de du non-vivant tout à l'heure mais vraiment pour définir en terme de biologie cellulaire ce qui distingue un virus d'une cellule ou d'un organisme unicellulaire quels sont les les lignes de différentes qui continue de subsister en quelle ligne de partage qui continue de subsister entre ces deux entités oh bah c'est très simple parce que en fin de compte c'est loin de cette discrimination a été parfaitement décrite par le vent des années 50 en 1957 par un article Prince and Wolf le pasteurien Equidia fin de compte que les virus essentiellement ne savent pas synthétiser l'or protéine même ce sont des parasites des parasites obligatoire d'une cellule mais la vraie raison pour laquelle ils sont parasites c'est qu'ils n'ont pas de capacité de 7h protéine donc ils n'ont pas de ribosome donc effectivement là pour l'instant toujours pas trouvé d'exception à cette règle vraiment que c'est une règle absolue pour l'instant les virus par définition c'est comme ça d'ailleurs que quand on a maintenant un nouveau virus et qu'on en fait le contenu génique on se rend compte qu'effectivement c'est un virus appartement ou une trouve pas de protéines ribosomal dans ce virus bien sûr allez-y Chantal Abergel je pense qu'à un autre processus qui est vraiment critique en ce qui concerne les virus c'est que les virus ne se divise pas au sens où les cellules se divise cirque une cellule mère va donner deux cellules filles dans le cas d'un virus appartement ou à ce micro-organisme qui se développe dans la cellule il y a pas réellement de division parce que en fait le système n'est pas confiner à l'intérieur d'une membrane donc on a pas de division et c'est peut-être aussi pour ça que il y a pas besoin de transporter des ribosomes ou ce qu'il faut pour faire des ribosomes parce que le virus venant dans le milieu de la cellule accès directement à Cyril on n'a pas vraiment besoin de préciser rapidement que les ribosomes ce sont ces petits mécanismes qui permettent de transcrire l'ADN en protéines dans l'ADN en ARN prénom en protéine effectivement que le virus va utiliser justement toute cette mécanique de production de protéines qui est dans la cellule qu'il va alors je vais utiliser infecté mais je sens que je me faire taper sur les doigts TV région qui sont de plus en plus complexe par rapport à ce que l'on pense et au départ mais aussi du fait qu'on a découvert et qu'on continue de découvrir des bactéries qui sont de plus en plus simple également et donc on écoute de plus en plus de bactéries auquel il manque des choses que l'on pensait essentiel à la vie cellulaire avant et donc c'est pour ça que les deux les deux domaines se télescopent un peu on va bientôt avoir beaucoup de mal pour certaines bactéries très très diminué réduite de comprendre vraiment si elles sont des bactéries encore ou en train de lire des virus si on a vraiment la difficulté il y a vraiment une frontière qui devient un peu plus flou puisque il y a maintenant des bactéries par exemple qui sont tellement petite qu'on se demande comment ils font pour contacter tout les mécanismes fondamentaux qui sont nécessaires à la vie cellulaire on va revenir dans un tout petit instant justement à votre découvert TACA se sont peut-être ce qu'on qu'on va peut-être réussir à faire un jour entre ces bactéries extrêmement simplifié et C virus extrêmement complexe aujourd'hui donc on est bien d'accord il y a un consensus pour dire que le virus de définition on peut passer tiny non plus on a longtemps dis par là le patrimoine génétique finalement extrêmement simple simplifié qui comprend très peu de Gênes et très peu d'années aujourd'hui ça c'était complètement balayé également Chantal berger tout à fait en l'occurrence c'est est-ce que vous êtes en train de dire soulève d'ailleurs un travail qui a été publiée récemment par notre laboratoire et qui montre que en effet on peut avoir des des génomes de virus très très complexe mais la surprise aussi de c Jérôme C nombre de gènes qui qui qui ne ressemble à rien de connu ni dans le monde cellulaire ni dans le monde virale donc on a vraiment une fois sonde de choses complètement méconnus non c'est virus qui qui qui ouvre une fenêtre sur sur l'inconnu la méthode scientifique Nicolas Martin caisse de retraite nous allons parler continuer à parler de notre connaissance dans le domaine Fast de C virus et on voit que c'est une connaissance qui est encore en train de se structurer très largement en grande partie grâce aux travaux de nos deux invités de ce premier numéro de la saison 3 de la méthode scientifique et Chantal Abergel et Jean-Michel clavier qui sont avec mon duplex depuis déçu de Radio France à Marseille est-ce que vous pouvez nous rappeler nous raconter cette histoire Chantal Abergel Jean-Michel Claverie de la découverte du premier virus 10 ans une découverte qui s'est produite en plusieurs étapes on l'a eu entre les mains et puis on a pas tout de suite compris ce à quoi on a vet affaire oui comme toujours quand les choses ne sont jamais évident que quand on s'y attend pas et donc en effet le premier virus à avoir été découvert c'était Mimivirus et il a d'abord été isolés dans un contexte d'inde 1 épisode 2 pneumonie dans un hôpital en Angleterre et au départ la personne qui l'a isolée qui a réussi donc à montrer qu'il s'agissait d'un parasite intracellulaire obligatoire sur des cellules d'un type bien particulier qui sont des amibes donc des unicellulaire il croyait avoir réellement à faire à une nouvelle bactérie il a d'ailleurs appeler Bradford caucus mail à jamais réussi à démontrer que c'était une bactérie et il a fallu attendre plus de 10 ans avant de qu'on puisse avoir vraiment une compréhension de du fait qu'on avait à faire à un virus mets un virus tellement étrange du fait qu'on pensez tous que les verrues c'était forcément petits parce que celui-là était monstrueusement grand il était aussi gros qu'une bactéries et d'ailleurs il s'est fait appeler mimi virus parce que c'était pour mimicking microbe virus donc c'était un virus qui se fait baiser réellement passé pour une bactérie à plusieurs titre d'ailleurs est-ce qu'on peut préciser rapidement justement l'échelle de différence de taille qui était celle qui tenait ton corps avant la découverte de Mimi rue sont partis équipe Chantal Bergeron été sur un différentiel de quelle taille alors, après un grand virus c'est un virus qui fait de l'ordre de 100 anneaux de diamètre à peu près et là on est passé elle donc ils sont partis finitions totalement invisible sauf au microscope électronique et là avec les nuits virus ont passé à quelque chose qui était proche du micro à cause d'une enveloppe en plus plein de poils enfin une enveloppe très spécifique très amusante il amène à faire presque 0,8 microns presque un micro et donc ça on le voit très facilement au microscope optique et donc pas seulement électronique et donc en fin de compte la véritable frontière opérationnel entre les virus géant les virus qui son pager en c'est qui bat les vergers on les voit très simplement avec un microscope de laboratoire classique alors que bien sûr avant il fallait un microscope électronique comment expliquez-vous l'un et l'autre que l'on a mis tant de temps avant de comprendre quelle est la quelle est la nature de ce premier virus lyon et pourquoi finalement la biologie cellulaire qui se développer justement très largement notamment grâce aux techniques optique que vous décrivez au microscope électronique à partir de 2e